Der Einsatzbereich der FFW Pankofen besteht aus den Ortschaften Pankofen, Ringkofen, Höhenrain, Schiltorn, Holzschwaig, Scheuer und Altholz sowie Teilen des Industrieparks Plattling der Gemarkung Pankofen und dem neu erschlossenen Industrieflächen Irlwiesen und Karolinenfeld. Im Schutzbereich liegen größere Industrieansiedlungen z.B. KERMI, Zitec, BayWa, Wiegl, Hirschvogel sowie Großmärkte wie Globus und Lidl und dem Erlebnispark „Lunapark“. Zudem liegen im Dienstbereich die Hochwasserschutzdämme der Isar und der Altwässer zwischen Plattling und Fischerdorf, sowie die Bundesautobahn A92 und Teile der Eisenbahnstecke Plattling Deggendorf.